王石是一个懒惰的家伙。主要表现为不洗衣服，不做饭，不扫地。更让人难以忍受的是卫生习惯也不好。整个人弄得一塌糊涂。
虽然现在也有点钱了，不过人还是那个味，名牌衣服穿在身上就是觉得不协调。
据说以前有一个篮球教练由于穿名牌形象太差，那个厂家宁愿倒贴也不愿意让他穿，免得影响品牌形象。
不过要是有衣服厂家看见王石这样的形象的话，那简直是要跪求他了。
所以佛要金装，人要衣装这句话不一定对。它其实有个前提条件就是，这个佛呀人呀的，本身不能相差太多。否则怎么装扮也没有用。要不怎么有沐猴而冠之类的成语呢。猴子还是猴子，王石还是那个小农民。
但王石也有一个优点，那就是专注。当然是有时间限制的，不是说叫三分钟热度吗。
现在王石就对一个项目燃烧着三分钟热度。
大家都知道，现在的分子动力学是很热门的学科，老实说，王石是不懂这玩意儿的，而且这玩意儿看着很美，但操作起来着实复杂。把王石给弄得头昏脑胀。若是没有梦想的帮助，王石老早放弃了。
现在就在搞这玩意儿。由于梦想已经完成了分子动力学的逻辑推演，先不去管她推出多少矛盾，现在王石交给她的任务就是建立一个原子动力模型。
现在市面上已经有不少商业和开源的分子动力学模拟软件。比如NAMD，比如Gromacs等，但这些软件考虑效率和机时，所以规模有限，计算精度也不能令人满意，所以王石觉得应该发挥梦想的长处，编制一个能发挥大规模并行运算能力，力学模型准确的模拟软件。
先，梦想根据网络获取的数据，按照元素周期表的顺序建立所有所有原子的力学模型。精确定义每种原子的各种力场，包括由电荷产生的库仑力，由质量产生的范德华力等等。
然后就可以通过装配这些原子，来进行分子化学性质的模拟。就像实验室一样，从简单到复杂，一步一步组装成具有特定功能的大分子。
最后就是可以根据模型程序，测试设计出来的分子的稳定性，各种物理化学性质，观察分子的特定功能是否完备。
王石的最终目的就是能够建造分子级别的运算单元。因为梦想若是把所有的运算量都放在一起的话，现实体积实在太大了。而王石的想法就是想让梦想成为便捷式个人电脑。
当然啦！困难实在太大了。
但是路总是要走下去的。
在梦想的帮助下，王石完成了这个模拟程序，这个程序最大地利用了梦想超大规模的并行运算体系。所以模拟的分子规模也可以达到相当大的级别。
根据网络上公开发布的一些DNA链、肽链和各类蛋白质分子的分子结构，测试程序的运行情况，来校验程序的工作状况。
根据王石的设想，应用这个程序，以希望将来能够完成分子级别的运算器的制作。
有了这个程序，以后有很多事情可以做了。
比如，设计特殊性质的材料，完成各种纳米机械的设计，验证材料的制造的制造流程。
比如观察研究细胞级别的生物活动，以设计出新的生命形式。完成以前无法想的设计任务。
这几个月，网络游戏《双剑》发展很快。最高同时上线人数已经达到了1亿，而注册机器达到了2.5亿。而属于暗剑的部分规模也达到了千万级别。这是一个相当惊人数字，按照全球超级计算机排名五百强的排名来说，上榜所有机器的计算能力加起来也比不上梦想。梦想的整个系统的规模已经是世界之最了。
比如根据公开报道，位于深圳国家超级计算机中心的曙光星云计算机运算速度达到1.27千万亿次（浮点运算），在世界上速度最快500强计算机最新的半年一次排名中位居第二。这一最新排名是国际超级计算机大会是在德国汉堡公布的。事实上，中国的超级计算机排名第二快是从理论峰值性能上来说的，但这相对于按标准化运算测试中的实际计算速度排名来看，意义并不很大。当然世界上运算最快的计算机仍然是位于美国田纳西州橡树岭国家实验室的美洲虎超级计算机。它的运算速度在去年11月是1.75千万亿次（浮点运算）。美国在制造超级计算机方面仍然是占统治地位的国家，是在计算机500强中拥有最多台超级计算机的国家。
当然，由于梦想的形态有所不同，对于这个速度的表现也不尽相同。但是，运行神经网络这类智能AI，正好刚刚合适。
由梦想控制的这个网络系统，完全可以对小到原子结构的进行分析，大到宇宙起源进行模拟，都需要高性能计算机。但是，高性能计算机的应用绝不仅限于此，眼下在和大众生活息息相关的各个领域，高性能计算机都在大显身手。
比如，在石油地质勘探中，为了准确勘定钻井井位，需要收集、研究海量的三维地震资料数据。一般而言，对100平方公里的数据进行分析计算，需要使用每秒10亿次运算速度的计算机运算60天。
如果研制一种新药，从化合物筛选到临床试验，一般需要10年到15年的时间。在化合物筛选阶段，对于数十万种化合物，用传统的实验手段，筛选出有效的化合物不仅费时费力，还往往难以得到最佳的结果。而使用计算机模拟手段，就可以在较短的时间内从几十万甚至几百万种化合物中筛选出有效的药物化合物，大大缩短了药物研发的周期。
根据梦想组成的神经网络，按一定的原则对运算资源进行智能管理，所以运行效率很高。
王石在完成了对原子动力模拟软件的校验后，就开始了对最简单的细胞进行模拟，添加不同的化学成分和蛋白酶，观察虚拟细胞的活动情况，了解细胞的反应机理，并详细记录细胞的活动过程，包括通过基因链制造蛋白质的全过程。基因是一串一维的有编码的序列，这个用来编码的东西就是特定的核苷酸，这个核苷酸有个特性，就是在特定的条件下，能与对应的核苷酸连接起来，而且是只能是对应的核苷酸。而蛋白质是怎么制造的呢？基因链是一个条状结构。它上面对应的基因序列，也就是特定的核苷酸序列都会吸引固定一个外界游离的特定核苷酸。然后这些特定的核苷酸连接起来，通过折叠，成为一个蛋白质。
打个简单的比方，比如说，基因序列也就是核苷酸串就象是一串磁性念珠，将磁性念珠放到一个放满散装磁性念珠的箱子里，搅拌一下，然后拿出来。你可以想象会发生什么事情。只是打个比方，你可以将吸附上来的这部分念珠串联起来，实际上，由于核苷酸的构造，它们自己会自动串联起来的。很显然，这部分核苷酸序列与基因有着对应关系。这串核苷酸序列会特定条件下脱落下来，这串长链会在某些蛋白酶的控制下进行折叠组合，一个蛋白质分子就这样生成了。
这个程序最后被王石命名为“微观世界模拟程序”。在这个程序里，王石可以完成从无到有，从简单原子到复杂生命的全过程构建，在这个世界里，王石就是上帝。
虽然现在也有点钱了，不过人还是那个味，名牌衣服穿在身上就是觉得不协调。
据说以前有一个篮球教练由于穿名牌形象太差，那个厂家宁愿倒贴也不愿意让他穿，免得影响品牌形象。
不过要是有衣服厂家看见王石这样的形象的话，那简直是要跪求他了。
所以佛要金装，人要衣装这句话不一定对。它其实有个前提条件就是，这个佛呀人呀的，本身不能相差太多。否则怎么装扮也没有用。要不怎么有沐猴而冠之类的成语呢。猴子还是猴子，王石还是那个小农民。
但王石也有一个优点，那就是专注。当然是有时间限制的，不是说叫三分钟热度吗。
现在王石就对一个项目燃烧着三分钟热度。
大家都知道，现在的分子动力学是很热门的学科，老实说，王石是不懂这玩意儿的，而且这玩意儿看着很美，但操作起来着实复杂。把王石给弄得头昏脑胀。若是没有梦想的帮助，王石老早放弃了。
现在就在搞这玩意儿。由于梦想已经完成了分子动力学的逻辑推演，先不去管她推出多少矛盾，现在王石交给她的任务就是建立一个原子动力模型。
现在市面上已经有不少商业和开源的分子动力学模拟软件。比如NAMD，比如Gromacs等，但这些软件考虑效率和机时，所以规模有限，计算精度也不能令人满意，所以王石觉得应该发挥梦想的长处，编制一个能发挥大规模并行运算能力，力学模型准确的模拟软件。
先，梦想根据网络获取的数据，按照元素周期表的顺序建立所有所有原子的力学模型。精确定义每种原子的各种力场，包括由电荷产生的库仑力，由质量产生的范德华力等等。
然后就可以通过装配这些原子，来进行分子化学性质的模拟。就像实验室一样，从简单到复杂，一步一步组装成具有特定功能的大分子。
最后就是可以根据模型程序，测试设计出来的分子的稳定性，各种物理化学性质，观察分子的特定功能是否完备。
王石的最终目的就是能够建造分子级别的运算单元。因为梦想若是把所有的运算量都放在一起的话，现实体积实在太大了。而王石的想法就是想让梦想成为便捷式个人电脑。
当然啦！困难实在太大了。
但是路总是要走下去的。
在梦想的帮助下，王石完成了这个模拟程序，这个程序最大地利用了梦想超大规模的并行运算体系。所以模拟的分子规模也可以达到相当大的级别。
根据网络上公开发布的一些DNA链、肽链和各类蛋白质分子的分子结构，测试程序的运行情况，来校验程序的工作状况。
根据王石的设想，应用这个程序，以希望将来能够完成分子级别的运算器的制作。
有了这个程序，以后有很多事情可以做了。
比如，设计特殊性质的材料，完成各种纳米机械的设计，验证材料的制造的制造流程。
比如观察研究细胞级别的生物活动，以设计出新的生命形式。完成以前无法想的设计任务。
这几个月，网络游戏《双剑》发展很快。最高同时上线人数已经达到了1亿，而注册机器达到了2.5亿。而属于暗剑的部分规模也达到了千万级别。这是一个相当惊人数字，按照全球超级计算机排名五百强的排名来说，上榜所有机器的计算能力加起来也比不上梦想。梦想的整个系统的规模已经是世界之最了。
比如根据公开报道，位于深圳国家超级计算机中心的曙光星云计算机运算速度达到1.27千万亿次（浮点运算），在世界上速度最快500强计算机最新的半年一次排名中位居第二。这一最新排名是国际超级计算机大会是在德国汉堡公布的。事实上，中国的超级计算机排名第二快是从理论峰值性能上来说的，但这相对于按标准化运算测试中的实际计算速度排名来看，意义并不很大。当然世界上运算最快的计算机仍然是位于美国田纳西州橡树岭国家实验室的美洲虎超级计算机。它的运算速度在去年11月是1.75千万亿次（浮点运算）。美国在制造超级计算机方面仍然是占统治地位的国家，是在计算机500强中拥有最多台超级计算机的国家。
当然，由于梦想的形态有所不同，对于这个速度的表现也不尽相同。但是，运行神经网络这类智能AI，正好刚刚合适。
由梦想控制的这个网络系统，完全可以对小到原子结构的进行分析，大到宇宙起源进行模拟，都需要高性能计算机。但是，高性能计算机的应用绝不仅限于此，眼下在和大众生活息息相关的各个领域，高性能计算机都在大显身手。
比如，在石油地质勘探中，为了准确勘定钻井井位，需要收集、研究海量的三维地震资料数据。一般而言，对100平方公里的数据进行分析计算，需要使用每秒10亿次运算速度的计算机运算60天。
如果研制一种新药，从化合物筛选到临床试验，一般需要10年到15年的时间。在化合物筛选阶段，对于数十万种化合物，用传统的实验手段，筛选出有效的化合物不仅费时费力，还往往难以得到最佳的结果。而使用计算机模拟手段，就可以在较短的时间内从几十万甚至几百万种化合物中筛选出有效的药物化合物，大大缩短了药物研发的周期。
根据梦想组成的神经网络，按一定的原则对运算资源进行智能管理，所以运行效率很高。
王石在完成了对原子动力模拟软件的校验后，就开始了对最简单的细胞进行模拟，添加不同的化学成分和蛋白酶，观察虚拟细胞的活动情况，了解细胞的反应机理，并详细记录细胞的活动过程，包括通过基因链制造蛋白质的全过程。基因是一串一维的有编码的序列，这个用来编码的东西就是特定的核苷酸，这个核苷酸有个特性，就是在特定的条件下，能与对应的核苷酸连接起来，而且是只能是对应的核苷酸。而蛋白质是怎么制造的呢？基因链是一个条状结构。它上面对应的基因序列，也就是特定的核苷酸序列都会吸引固定一个外界游离的特定核苷酸。然后这些特定的核苷酸连接起来，通过折叠，成为一个蛋白质。
打个简单的比方，比如说，基因序列也就是核苷酸串就象是一串磁性念珠，将磁性念珠放到一个放满散装磁性念珠的箱子里，搅拌一下，然后拿出来。你可以想象会发生什么事情。只是打个比方，你可以将吸附上来的这部分念珠串联起来，实际上，由于核苷酸的构造，它们自己会自动串联起来的。很显然，这部分核苷酸序列与基因有着对应关系。这串核苷酸序列会特定条件下脱落下来，这串长链会在某些蛋白酶的控制下进行折叠组合，一个蛋白质分子就这样生成了。
这个程序最后被王石命名为“微观世界模拟程序”。在这个程序里，王石可以完成从无到有，从简单原子到复杂生命的全过程构建，在这个世界里，王石就是上帝。
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